L'Azienda svolge la propria attività assistenziale sui seguenti presidi:
- PRESIDIO OSPEDALIERO SAN GIOVANNI
É il Presidio principale dell'Azienda, in cui si svolge la gran parte dell'attività clinica di ricovero ospedaliero, in regime ordinario e diurno, per patologie acute, comprensiva dell'attività di emergenza e urgenza. L'Ospedale, sede di DEA II "livello" è dotato sia di un PS generale che di un PS dedicato all'area ostetrico-ginecologica, organizzati in spazi separati. Sono presenti la Medicina d'Urgenza con posti letto subintensivi, il Centro di Rianimazione Polivalente, la Terapia Intensiva Post-Operatoria, la Stroke Unit, la terapia intensiva cardiologica e la terapia intensiva neonatale. È presente, inoltre, una sezione dedicata alla dialisi in urgenza e/o per pazienti ricoverati.
- PRESIDIO OSPEDALIERO ADDOLORATA
Si caratterizza come Polo Onco-ematologico dell'Azienda, con prevalente attività clinica che si svolge come specialistica ambulatoriale e in regime di ricovero sia ordinario che "diurno". È sede del Centro Donatori Sangue e dell'ambulatorio di medicina trasfusionale afferente alla UOSD medicina Trasfusionale, del Laboratorio Galenico aziendale e del Centro Disturbi Cognitivi e Demenze (CDCD). Ospita, altresì, il Servizio Psichiatrico di Diagnosi e Cura (SPDC) afferente al Dipartimento di Salute Mentale della ASL Roma2, regolato da apposita convenzione tra le due Aziende. All'interno del PO Addolorata è presente l'UO di Radioterapia e la Fisica Medica per la gestione e il trattamento delle patologie oncologiche ed il Centro Servizi di Telemedicina.
- PRESIDIO OSPEDALIERO BRITANNICO
Presidio mono specialistico dedicato all'attività oculistica, sia in regime di ricovero diurno, compresa l'attività operatoria, sia in regime ambulatoriale. In tale Presidio si colloca la Banca degli Occhi, Centro di riferimento regionale.
- PRESIDIO OSPEDALIERO SANTA MARIA
Sede di attività specialistica ambulatoriale e di attività di ricovero a ciclo diurno nonché della dialisi ambulatoriale.