Diversi edifici vennero aggiunti e ristrutturati nel corso dei secoli: dall'Ospizio di Sant'Andrea attualmente identificato nella omonima chiesa sita in via O.Plunkett, voluto dal papa Onorio (625 - 638) con l’istituzione della Confraternita del S.S. Salvatore, all' Ospizio di Sant' Antonio, nel quale soggiornò San Francesco quando venne a Roma per ottenere dal Pontefice l'approvazione del proprio Ordine.

All'Ospedale dell'Angelo, fondato dal Cardinale Colonna nel XIII secolo, ampliato da Everso II degli Anguillara tra il 1450 ed il 1462, con la costruzione di due corsia disposte a squadra e comunicanti.

Tra il 1634 ed il 1640, la facciata del complesso intitolato al SS. Salvatore assunse la sua forma attuale per opera di Giacomo e Giovan Battista Mola e Carlo Rinaldi.

Tra il 1650 ed il 1656, sul sedime dell'Ospizio di Santa Prassede, Giovanni Antonio De Rossi, costruì il monumentale Ospedale delle Donne, conferendo all'intero complesso l'aspetto che è rimasto immutata fino al 1950.

1950 - In tale anno, infatti, l'ospedale entro a far parte, con l'attuale nome di "San Giovanni", del Pio Istituto di Santo Spirito - Ospedali riuniti di Roma, l'organizzazione sanitaria che ai tempi controllava tutti gli ospedali romani.
In occasione delle Olimpiadi del 1960, fu inaugurato il nuovo Ospedale San Giovanni, previsto dal PRG del 1936.